Процесът на стерилизация на медицински отпадъци започва със събиране и сортиране на отпадъците. Отпадъците, генерирани от болници, лаборатории или други медицински институции, трябва да се класифицират в категории като инфекциозни, патологични и фармацевтични отпадъци и да се събират и транспортират в специални запечатани контейнери. Сортирането и запечатването ефективно предотвратяват изтичане или кръстосано замърсяване по време на транспортиране, осигурявайки сигурна гаранция за последваща стерилизация.
Стерилизацията е в основата на процеса. Парната стерилизация с високо налягане използва пара с висока температура и високо налягане за пълно инактивиране на патогенните микроорганизми в отпадъците; микровълновата стерилизация използва микровълни за нагряване на водните молекули в отпадъците, постигайки бърза стерилизация; химическата стерилизация използва дезинфектанти за химическа реакция с отпадъците, което прави патогените неинфекциозни. По време на този процес някои съоръжения също разбъркват или раздробяват отпадъците, за да осигурят еднаква и цялостна стерилизация.
След стерилизация оборудването обикновено раздробява, компресира или втвърдява отпадъците, за да намали обема им за по-лесно съхранение и транспортиране. Едновременно с това кондензатът или отпадъчните течности, генерирани по време на процеса, се събират или неутрализират, а отработените газове се изпускат през пречиствателни устройства, за да се гарантира безопасността на околната среда. Целият процес се наблюдава от автоматизирана система за управление, която записва температурата, налягането и времето за обработка в реално време. В случай на аномалии, системата може автоматично да алармира или да се изключи, постигайки безопасно, екологично и ефективно третиране на отпадъците.